El Complexus fue creado en el año 2000 por iniciativa del Centro de Educación y Capacitación para el Desarrollo Sustentable (CECADESU) de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) y de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES) en diálogo con 10 IES del país.

El convenio de colaboración se firmó el 7 de diciembre de 2000, durante la reunión del Consejo de Universidades Públicas e Instituciones afines de la ANUIES, en la Universidad Autónoma de Coahuila, en la ciudad de Saltillo. En esa misma reunión se suscribió el convenio ANUIES-SEMARNAT y se suscribió el Plan de Acción para el Desarrollo Sustentable en las Instituciones de Educación Superior.

A 20 años de creación se llevó a cabo una refundación de la red mediante la creación de un nuevo convenio de colaboración, que firmaron en abril de 2021, los rectores de 12 instituciones. Posteriormente, se han adherido otras instituciones.