El Complexus fue creado en el año 2000 por iniciativa del Centro de Educación y Capacitación para el Desarrollo Sustentable (CECADESU) de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) y de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES) en diálogo con 10 IES del país.

El convenio de colaboración se firmó el 7 de diciembre de 2000, durante la reunión del Consejo de Universidades Públicas e Instituciones afines de la ANUIES, en la Universidad Autónoma de Coahuila, en la ciudad de Saltillo. En esa misma reunión se suscribió el convenio ANUIES-SEMARNAT y se suscribió el Plan de Acción para el Desarrollo Sustentable en las Instituciones de Educación Superior.

Actualmente está integrado por 19 instituciones públicas y privadas.